En la época de la Conquista y la Colonia (1500 a 1810), el territorio que hoy corresponde a la Diócesis Mocoa-Sibundoy fue evangelizado formando una unidad con los actuales departamentos del Caquetá, Amazonas, parte de Nariño y la Bota Caucana (284.132 km2) por los misioneros franciscanos

La misión Franciscana (1558-1792):

Los franciscanos estuvieron por más de 250 años en el territorio amazónico colombiano, apoyados por otras comunidades como Los Dominicos, aunque no de manera permanente, con interrupciones, desde 1577 hasta fines de la Colonia, otros colaboradores fueron Los Jesuitas, los Agustinos y los Mercedarios. En este período hubo hermanos pero no religiosas, entonces todas las religiosas eran de clausura. Desde las bases misionales de Quito y Popayán, se enviaban los misioneros o “conversores”, se misionaba a travás de la metodología denominada “Reducciones” e “internados”, Este sistema se implementó en el bajo Putumayo y las “doctrinas” en el Valle de Sibundoy.

La época de la interrupción de la evangelización (1792-1896)

La interrupción de la Evangelización sucedió en la época de la Independencia y de la República. Los franciscanos se retiraron en 1792 y los extensos territorios que atendían quedaron sumidos en un abandono casi total, Las causas de esta interrupción fueron diversas, entre ellas, no haber logrado la inserción del indígena en la estructura económico-política de la sociedad colonial; el desconocimiento e intolerancia de la idiosincrasia indígena, la falta de recursos materiales para tales misiones y el espíritu interesado de los indígenas, que al faltarles herramientas y otros obsequios, se alejan inmediatamente. El territorio que atendían los Misioneros Franciscanos quedó perteneciendo a la Diócesis de Pasto desde su creación en 1859.

La misión Capuchina (1896-1971)

En 1896 se abrió la fundación capuchina en Mocoa con los padres Antero María de Moretín y Antonio de Calamocha, más el hermano Fructuoso de Tulcán, misioneros capuchinos y algunos sacerdotes diocesanos procedentes de Pasto. Poco después se abrieron las fundaciones de Sibundoy y Santiago, Desde estas tres bases misionales se fortaleció la labor evangelizadora.
Todo el Putumayo perteneció a la diócesis de Pasto desde la creación de ésta en 1859, hasta la erección de la prefectura del Caquetá, con sede en Sibundoy.